Насколько я понимаю ваш вопрос, вы спрашиваете о параметре "-u", как показано ниже, который добавит все уже существующие в репо записи (но не новые):
git add -u
, который соответственно man-страницам:
-u, --update
Update the index just where it already has an entry matching <pathspec>. This removes as well as modifies index entries to match the working tree, but adds no new files.
If no <pathspec> is given when -u option is used, all tracked files in the entire working tree are updated (old versions of Git used to limit the update to the current directory and its subdirectories).