Используйте SoX - швейцарский армейский нож обработки звука. Очень прост в использовании.
Это инструмент командной строки, а не библиотека PHP, поэтому для использования из PHP вам нужно выполнить команду оболочки и получить результат в своем коде. Я использовал его в нескольких проектах.
Пример с PHP:
<?php
exec('sox /mypath/my_audio.amr /mypath/my_audio.mp3');
?>
SoX - это кроссплатформенная (Windows, Linux, MacOS X и т. Д.) Утилита командной строки, которая может конвертировать различные форматы компьютерных аудиофайлов в другие форматы. Он также может применять различные эффекты к этим звуковым файлам, и, в качестве дополнительного бонуса, SoX может воспроизводить и записывать аудиофайлы на большинстве платформ.
SoX - очень зрелый проект! Вот ссылка: http://sox.sourceforge.net/
Вот несколько примеров, которые я для вас погуглил:
http://www.thegeekstuff.com/2009/05/sound-exchange-sox-15-examples-to-manipulate-audio-files/