Чтобы вручную создать файл jar, вы можете использовать утилиту "jar".
Файл jar - это, по сути, архивный файл (фактически вы можете использовать любой zip-инструмент для извлечения содержимого jar-файла). Чтобы создать JAR-файл, вы указываете опцию «c» и все .class-файлы, которые вы скомпилировали и хотите включить. Командная строка jar имитирует команду tar. Так, например, чтобы добавить файлы классов, корневая папка которых com, вы набираете:
jar cf test.jar com
При желании вы можете добавить данные манифеста в виде файла манифеста, чтобы указать исполняемый файл по умолчанию и другую информацию.
Однако более простой способ создать файл jar - просто использовать муравей.
Ознакомьтесь с этим руководством на веб-сайте ant, где приведен пример типичного файла сборки ant:
http://ant.apache.org/manual/tutorial-HelloWorldWithAnt.html