Хотя использование инструментов миграции SQLAlchemy является хорошей идеей, некоторые из ORM для узла фактически выполняют разумную работу по решению проблемы миграции. Например, Persistence JS может синхронизировать базу данных до свойств, объявленных в вашем файле JS.
Сказав это, SQLAlchemy - отличный выбор, я считаю, - он достаточно гибок, чтобы обрабатывать любую структуру базы данных, которую вы можете использовать (в отличие от чего-то вроде ActiveRecord в Ruby, который делает предположения, которые могут быть или не быть верными в вашем случае) .