Не уверен, что вопрос, однако,
Вы можете использовать консоль, если вы начинаете с java.exe, используете ли вы графический интерфейс или нет. Если вы используете графический интерфейс пользователя, то обычной практикой является использование javaw.exe, у которого нет консоли, но вам не нужно запускать свое приложение таким образом.
В Unix есть только java
;)
Можно подключить jconsole
? Консоль Java? к любому из них.