На ум приходит 2 способа: вы можете использовать форматированное извлечение operator >>
непосредственно из ifstream или использовать getline, чтобы сначала поместить всю строку в строку, а затем использовать istringstream, чтобы извлечь ее в индексы.
Если ваш графовый файл будет содержать индексы только один за другим, как в вашем примере, первый метод, вероятно, будет проще:
while(theGraphFile >> x >> y)
{
if(x < myWidth && y < myHeight)
myMatrix[x][y] = true;
}
Второй метод с getline даст некоторую гибкость, если каждая строка имеет другую информацию:
while(getline(theGraphFile, line))
{
istringstream linestr(line);
// lines that don't start with x, y indices get skipped.
// feel free to handle this differently
if(!(linestr >> x >> y)) continue;
if(x < myWidth && y < myHeight) { myMatrix[x][y] = true; }
// parse other data
}