Эта проблема упоминается в документации autoconf, и рекомендуемое решение заключается в создании сценариев во время выполнения (перед установкой).Мне неясно, является ли это решение тем, что вы подразумеваете под «изменением сценариев во время установки», но это действительно единственное жизнеспособное решение, поскольку pkgdatadir определен только в Makefile, поэтому необходимо использовать make (если вы не хотите принятьЧрезвычайно хрупкий подход к попытке дублировать определение pkgdatadir за пределами Makefile.)
Это лучшая ссылка, которую я мог найти только сейчас: http://www.delorie.com/gnu/docs/autoconf/autoconf_24.html. В соответствующей части описывается следующий пример фрагмента makebuild autoconf и autoheader:
edit = sed \
-e 's,@datadir[@],$(pkgdatadir),g' \
-e 's,@prefix[@],$(prefix),g'
autoconf: Makefile $(srcdir)/autoconf.in
rm -f autoconf autoconf.tmp
$(edit) $(srcdir)/autoconf.in >autoconf.tmp
chmod +x autoconf.tmp
mv autoconf.tmp autoconf
autoheader: Makefile $(srcdir)/autoheader.in
rm -f autoheader autoheader.tmp
$(edit) $(srcdir)/autoconf.in >autoheader.tmp
chmod +x autoheader.tmp
mv autoheader.tmp autoheader