Чтобы рассматривать каталоги и их содержимое как один файл, вам нужно написать сценарии smudge / clean.Любая причина, по которой вам нужно это сделать, и вы не можете оставить их как есть?
Если они громоздкие, большие и слишком тяжелые, вы можете поместить их в отдельный репозиторий и использовать подмодули чтобы связать их.