Как говорится в основном вопрос.Если у вас есть X-UA-Compatible в ваших HTTP-заголовках и метатеге в вашем документе, и они конфликтуют, какой из них будет уважаться IE?
TL; DR: метатег выигрывает
Я нашел следующую (обновленную) блок-схему здесь (ссылка не работает) и связанный пост в блоге , в котором объясняется, как IE9 определяет режим документа: