Вам не нужно делать ничего особенного, как массивы маркеров CookieComponent Cake.
В контроллере убедитесь, что вы включили CookieComponent:
var $components = array('Cookie');
в свои действия, чтобы написать массив:
$this->Cookie->write('test', array('value1', 'value2'));
и затем прочитать его обратно:
$test = $this->Cookie->read('test'); // $test will be an array