Эта страница содержит много полезной информации о работе с изображениями в matlab.
Когда вы загружаете изображение в Matlab, оно загружается как матрица MxNx3. Третье измерение хранит значения RGB каждого пикселя. Поэтому, чтобы обрезать изображение, вы просто выбираете диапазон строк и столбцов, которые хотите сохранить:
cropped_image = image(RowStart:RowEnd,ColStart:ColEnd,:);