Вам нужно изменить другое правило, чтобы оно не переписывало URI, начинающиеся с "/ user /"
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/user/
RewriteRule ^.*$ index.php [NC,L]
Теперь вы можете переписать запросы / user, используя ваше правило:
RewriteRule ^user/([a-zA-Z0-9]+)$ /user/?login=$1 [L]
За исключением того, что вы не хотите, чтобы R
в скобках, потому что это перенаправит браузер и изменит то, что находится в адресной строке.