Я никогда не использовал экспресс-шаблон MVC, но socket.io не использует экспресс-маршруты, и, по моему опыту, они прекрасно сочетаются друг с другом.Просто добавьте свой код сервера socket.io в app.js, чтобы протестировать его, и вы можете использовать код на стороне клиента в любом из ваших экспресс-представлений.
Это предполагает, что вы используете socket.io, конечно.У меня нет опыта работы с другими методами использования websockets с node.js.