Я думаю, что мы лаем не то дерево.Если я понимаю, что они говорят на своем веб-сайте, HeidiSQL - это интерфейс к базам данных MySQL, а не его замена.
Таким образом, ответ таков: у вас все еще работает MySQL под вашим интерфейсом HeidiSQL: не позволяйте HeidiSQL читать файл дампа, передавайте файл дампа (со всеми условными выражениями, которые так хорошо знает MySQL) в MySQL.