Команда для добавления первичного ключа в миграцию:
add_column :my_table, :id, :primary_key
Однако формулировка вашего вопроса предполагает, что в вашей таблице уже есть столбец с автоинкрементом.Если я не ошибаюсь, есть несколько СУБД, которые не позволяют использовать более одного столбца с автоинкрементом в таблице.
Если у вас уже есть столбец с автоинкрементом, и вы действительно хотите использовать этот столбец какваш первичный ключ, просто добавьте к вашей модели следующее:
set_primary_key "my_existing_column"
или в более поздних версиях Rails:
self.primary_key = "my_existing_column"
Если у вас уже есть столбец автоинкремента и вы не можете использовать его в качестве первичного ключа, вам может не повезти.