Вы можете написать функцию, которая будет устанавливать значение из переменной, а затем вызывать ее в другом скрипте.
//script1.js
var somevar;
function setSomevar(value){
somevar = value;
}
function getSomevar(){
return somevar;
}
jQuery(document).ready(function($) {
$('somelem').myPlugin();
});
Теперь вы можете вызвать функцию setSomevar и передать значение в переменную.
Надеюсь, это поможет. С уважением.