Да, вы можете сделать это без необходимости переустановки пользователей, но это сложно. Ключ заключается в том, чтобы понять, что манифесты приложения имеют подпись Authenticode (для идентификации издателя) и подпись строгого имени (для предотвращения подделки). Хитрость заключается в том, чтобы использовать старый сертификат для подписи строгого имени и новый сертификат для подписи Authenticode.
Ни VS2005 / Mage, ни средство подписи (signtool.exe) из .NET Framework SDK не поддерживают этот тип подписывания. Но Windows Server 2003 R2 Platform SDK содержит более новую версию signtool.exe с новым параметром «/ manifest» и с возможностью использовать различные ключи для подписи. С помощью этого инструмента вы можете подписывать манифесты ClickOnce различными ключами для каждой из двух подписей.
Вы можете найти подробнее здесь .