Ответ прост: не смешивайте код PHP и HTML / JavaScript, и, если вам нужно, завершите блок PHP с помощью ?>
и откройте его снова с помощью <?php
после блока HTML / JS.
Если вам это нужно внутри переменной, вы можете либо использовать буферизацию вывода, хотя это и немного грязно, либо использовать Heredoc / Nowdoc строки:
<?php
$foo = <<<FOOBAR
<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
a_div.innerHTML = '<iframe style="width:100%;height:300px;" id="iframe_upload" src="index.php">';
</script>
FOOBAR;
?>