Похоже, вы случайно включили CakePHP в свой проект, а не добавили его в качестве подмодуля.Самое простое, что можно сделать, это удалить весь репозиторий и начать все сначала (или создать новый репо и извлечь только ветку master из существующей).Вы также можете попробовать удалить все ссылки, оставленные при извлечении CakePHP, но это будет некоторая работа, и она оставит объекты в вашем репо на несколько месяцев, и, похоже, это новый проект, так что простоВытащить коммиты, которые вам нужны, в свежий репо, вероятно, будет проще.
Чтобы создать новый репо, который просто содержит основную ветвь вашего существующего, должно работать что-то вроде следующего:
mkdir newRepo
cd newRepo
git init
git fetch ../oldRepo/.git master:temp
git reset --hard temp
git branch -d temp
Это приведет только к ветке master
и ничего больше.Бит с temp
заключается в том, что в противном случае git откажется загружать в ГОЛОВУ непроявленного репо.
В любом случае, если у вас есть свежий репо, вы можете просто использовать
git submodule add git://url/for/CakePHP.git path/to/submodule
для добавления подмодуля.