Существуют ли какие-либо обработчики событий onunload (к телу, окну, форме и т. Д.)? Если это так, это было бы хорошей отправной точкой для расследования.
[Edit]: Очевидно, jQuery запускает цикл, отменяющий привязку всех событий, прикрепленных к каждому элементу. Это сделано для предотвращения утечек памяти в IE (созданных из-за замыканий обработчиков событий, ссылающихся на элемент, который они слушают). Это может создать задержку, если ваш DOM очень сложен.
Можете ли вы попробовать закомментировать эту часть в коде jQuery и посмотреть, вызывает ли это проблему?
[Редактировать 2]: Выгрузка окна, кажется, была улучшена в более новых версиях jQuery (1.3+). Какую версию вы используете?