Если ваша программа выполняет много числовых вычислений - до такой степени, что производительность имеет значение, вы должны профилировать ее и иметь числовую часть, работающую в собственном коде.Вам не нужно беспокоиться, если внутренне числа Python являются «целыми числами» или «длинными» - настолько, что Python 3 устраняет разницу в типах.
Существует несколько подходов для этого, используя numpy, cython, aРасширение C, запускающая вашу программу с использованием pypy вместо стандартного cpython, и даже взгляните на corepy - что вам не следует делать, так это выполнять задачи с интенсивным числовым исполнением на чистом python, если проблема заключается в производительности.Если он наиболее сложный из них - создание расширения C в виде одной функции, которая просто выполняет вычисления, достаточно просто, чтобы в этом случае оправдать выигрыш в производительности.