В итоге я решил изменить веб-приложение .csproj так, чтобы строка
<SilverlightApplicationList>...</SilverlightApplicationList>
имел следующие условия
<SilverlightApplicationList Condition="'$(SilverlightApplicationList)' == ''">...</SilverlightApplicationList>
Затем в определении сборки для проекта в разделе Process -> MSBuild Arguments я добавил
/p:SilverlightApplicationList=" "
Так что теперь разработчики могут создавать локально, а процесс сборки может создавать только веб-приложение без проектов Silverlight.