Вы можете сохранить текущий счетчик таймера обратного отсчета в файле cookie (вы будете делать это каждый раз, когда меняется таймер). А затем, когда страница загружается (или обновляется), сначала проверьте значение этого файла cookie, и, если оно установлено, используйте это значение в качестве начальной точки счетчика обратного отсчета.