Вы можете использовать $this->db->query("call my_stored_proc('arg1','arg2');")
.
если у вас есть параметры, вы должны заключить их в транзакцию следующим образом:
$this->load->database();
$this->db->trans_start();
$success = $this->db->query("call my_stored_proc('arg1','arg2',@out_param);");
$out_param_query = $this->db->query('select @out_param as out_param;');
$this->db->trans_complete();
$out_param_row = $this->db->row();
$out_param_val = $this->out_param;