Редактируете ли вы .py файлы в другой системе, отличной от той, где они компилируются?
Компилятор перекомпилирует файлы .py, если его дата модификации новее, чем дата изменения файла .pyc.
Тот факт, что он выбирает файл .pyc для использования, указывает на тот факт, что ваш файл .py имеет более старую дату изменения. Это возможно только в том случае, если ваш файл .py изменяется в другой системе, а затем копируется в ту, в которой он будет использоваться, а часы среды редактирования / системы установлены за пределами времени выполнения / системных часов.