Вы говорите, что на файл Excel ссылаются только те DLL, которые вы включили в свой проект? Это вторичная ссылка, и ClickOnce не увидит ее и автоматически включит файл.
Во-первых, в вашей dll я предполагаю, что на нее ссылается непосредственно ваш проект. Если это так, то убедитесь, что вы добавили его в свой проект и установите для параметра «Действие сборки» значение «none», а для «copy to output directory» - «not copy». Затем удалите ссылку на нее и добавьте ее снова, указав версию, которая теперь включена в ваш проект. Установите для свойства «copy local» значение «true». Это обеспечит правильное развертывание самой dll.
Для файла Excel вам необходимо добавить его в ваш проект. Установите действие сборки «content» и установите «copy to output directory» как «copy Always». Он не будет включен автоматически, потому что это вторичная ссылка на приложение ClickOnce, а не прямая / первичная ссылка, как в dll.