Просто используйте для этого файл-шаблон. Предположим, ваш файл называется config.txt. Посмотрите на файл и вставьте некоторые маркеры, куда должны идти локальные настройки, переименуйте его в configTemplate.txt и зафиксируйте его. Затем каждый разработчик должен проверить файл, сделать его копию, удалить часть шаблона имени файла (чтобы каждый получил правильный файл config.txt) и добавить новый файл в список игнорирования. Затем либо пусть все просто вручную редактируют в локальных настройках, где маркеры находятся в файле шаблона, либо используют скрипт для них (если это возможно).
Файл шаблона никогда не изменяется (если, конечно, нет разницы в формате файла конфигурации).
В ответ на ваше редактирование (и комментарий):
Изображения, документы и двоичные файлы, которые не генерируются автоматически, вероятно, все должны быть поставлены под контроль версий. Или, по крайней мере, я не вижу веской причины, чтобы держать их без изменений.