Я не видел java epub toolchain;тем не менее, у меня был хороший успех с Сигилом.
Если цель - сделать эпуб, я бы дал Сигилу шанс.До того, как я использовал его, я катал свои epubs вручную (с автоматизацией ant build.xml).
Если цель состоит в том, чтобы создать набор инструментов epub на основе Java, то это не должно быть ужасно сложнов зависимости от того, сколько проверки и конвейеризации вы хотите сделать.Лично я бы начал с написания epub viewer.
Что касается частей PDF, я просто встраиваю XHTML.Еще не было необходимости встраивать PDF.Что касается валидации epub, если весь xml действителен и нет никаких висячих ссылок до архивирования, у вас будет действительный epub.