Мое мнение таково, что то, что вы делаете сейчас, является наилучшим способом, и вы должны отделять настройки JAXB от схемы RELAX NG. Настройки JAXB в XML-схеме в лучшем случае уродливы, а в худшем отвлекают и сбивают с толку. В RELAX NG сопоставление гораздо меньше, и я предполагаю, что вам все равно нужно будет поместить некоторые настройки в отдельный файл настроек JAXB, что означает, что ваши настройки будут в двух разных файлах.