(на данный момент не выпущено) svn 1.7 уничтожает каталог .svn в каждом каталоге.
С http://subversion.apache.org/docs/release-notes/1.7.html#wc-ng:
Ключевой особенностью изменений, внесенных в Subversion 1.7, является централизация хранилища метаданных рабочей копии в одном месте. Вместо каталога .svn в каждом каталоге рабочей копии у рабочих копий Subversion 1.7 есть только один каталог .svn - в корне рабочей копии. Этот каталог включает (среди прочего) базу данных на основе SQLite, которая содержит все метаданные, необходимые Subversion для этой рабочей копии.
Меня никогда не беспокоили каталоги .svn, замусоренные повсюду - упаковка или даже развертывание с использованием svn export всегда казалось, что они не имеют значения, когда это имеет значение. Из любопытства, что делает их обременительными в вашей ситуации?