Этот вопрос старый, но если вы или кто-то, просматривающий этот вопрос, еще не знаете ответа, вам нужно указать Doctrine, чтобы он использовал свой собственный класс репозитория для этой сущности.
Пример из Документация Symfony 2 Doctrine (с использованием аннотаций; вы можете, конечно, использовать YAML или XML):
// src/Acme/StoreBundle/Entity/Product.php
namespace Acme\StoreBundle\Entity;
use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;
/**
* @ORM\Entity(repositoryClass="Acme\StoreBundle\Repository\ProductRepository")
*/
class Product
{
//...
}