Я не люблю отвечать на свой вопрос, но, благодаря вам, я понял, как заставить это работать
ok. it was like hits
AM_CPPFLAGS= -D '_ROOT_="$(prefix)"'
одинарные и двойные кавычки, где это необходимо, затем в моем коде
#ifdef _ROOT_
printf ("valor %s",_ROOT_);
#endif