Зависит от того, что вы подразумеваете под «изменением».Если вы имеете в виду изменение, как при вызове сеттеров и изменении объекта, то эти изменения наблюдаются.Если вы имеете в виду изменение как полное переназначение или перезапись переменной (или ссылки), эти изменения не наблюдаются.
Проще говоря, скажем, у вас есть один объект, один массив.
Foo foo = new Foo();
Foo[] foos = new Foo[1];
foos[0] = foo;
Элемент в массиве и переменная ссылаются на один и тот же Foo.
foo.setBar(7);
int bar = foos[0].getBar(); // will get 7
Внутри массива наблюдается изменение объекта, на который ссылается foo.
foo = new Foo();
foo.setBar(94);
bar = foos[0].getBar(); // will not get 94
Это изменение не наблюдается внутри массива, так как foo переназначен.Его сеттер теперь полностью изменяет другой объект.