Поскольку вы запускаете команду java, вы должны попытаться установить определенное свойство в командной строке, используя флаг -D:
java -jar selenium-server.jar ... -DpropertyFoo=valueBar
Чтобы вызвать это в MSBuild, вы просто должны установить свойство иоберните вышеупомянутую команду в задачу Exec:
<Exec command="java -jar selenium-server.jar ... -DpropertyFoo=$(propertyFoo)" />
Я не слишком знаком со сценариями Selenium IDE, поэтому я не знаю, сможете ли вы получить доступ к свойствам таким образом, но это то, чтоЯ делаю это при вызове задач ant из моих сценариев MSBuild.