Нет единственного способа, которым это должно быть сделано, но вот один из возможных способов:
CMakeLists.txt
src/
CMakeLists.txt
lib1/
CMakeLists.txt
lib1.c
lib2/
CMakeLists.txt
lib2.c
app/
CMakeLists.txt
app.c
include/
lib1.h
lib2.h
Хотя вы можете делать все в файле CMakeLists.txt верхнего уровня, он станет большим иочень быстро, если ваш проект сложный.