Как правило,
-agentpath:[path to jprofilerti.dll]
достаточно.Процесс будет ожидать подключения графического интерфейса JProfiler.Это делается для того, чтобы он мог использовать правильные настройки профилирования с минимальными издержками.
Чтобы получить немедленный запуск, передайте
-agentpath:[path to jprofilerti.dll],nowait
Агент профилирования должен будет затем преобразовать классы, в зависимости от вашего фильтра.settings.
А использование плагина JProfiler из менеджера плагинов сделает все это ненужным.