Я закончил тем, что использовал решение, предложенное Родаином в его комментарии, после того, как показать / скрыть, я делаю это:
$('.alt:visible:odd').css('background', '#EBEFF4');
$('.alt:visible:even').css('background', '#FFFFFF');
В моем случае настройка фона сломала мое наведение, это было решено с помощью !important
чтобы фон завис при наведении.
table.grid tr.hover:hover
{
cursor:pointer;
background:#D2E0E9 !important;
}