Я нашел решение сам.Не уверен, что это лучшее решение.Перезапись CXXFLAGS , кажется, делает то, что я хочу.
import Options
def set_options(ctx):
ctx.tool_options('compiler_cxx')
ctx.add_option('--mode', action='store', default='release', help='Compile mode: release or debug')
def configure(ctx):
ctx.check_tool('compiler_cxx')
ctx.check_tool('node_addon')
if Options.options.mode == 'release':
ctx.env['CXXFLAGS'] = ['-O3']