Вы хотите поместить в Subversion все, что определяет ваше приложение. Таким образом, вы сможете построить свой проект из того, что находится в управлении версиями. Таким образом, вы сможете вернуться назад во времени, чтобы увидеть, как ваше приложение было настроено в любой момент в прошлом, это когда-нибудь сохранит вашу задницу.
Не беспокойтесь о хранении. Subversion очень эффективна. Когда вы делаете копию («ветвь») в Subversion, она только копирует каталог и по-прежнему указывает на исходные файлы, пока они не будут изменены. Если они никогда не изменятся, у вас будет только одна копия.
Диск дешевый, ваше время и время дорогое. Сделать это как можно проще, чтобы построить свой проект и путешествовать во времени. Вы не пожалеете об этом.