По сути, это проблема с Windows, если вы посмотрите на файл jni_md_win32.h, который поставляется с Java jdk оракула, это определение макроса:
/*
* @(#)jni_md.h 1.14 03/12/19
*
* Copyright 2004 Sun Microsystems, Inc. All rights reserved.
* SUN PROPRIETARY/CONFIDENTIAL. Use is subject to license terms.
*/
#ifndef _JAVASOFT_JNI_MD_H_
#define _JAVASOFT_JNI_MD_H_
#define JNIEXPORT __declspec(dllexport)
#define JNIIMPORT __declspec(dllimport)
#define JNICALL __stdcall
typedef long jint;
typedef __int64 jlong;
typedef signed char jbyte;
#endif /* !_JAVASOFT_JNI_MD_H_ */
В заголовке jni_md_linux.h эти макросы пусты. Поэтому я думаю, что если вы не хотите, чтобы ваш родной код выполнялся в Windows с oracle JVM, вы можете удалить эти макросы.