Насколько мне известно, единственное соображение должно заключаться в том, что каждый каталог от корня до файла server.wsgi должен читаться контейнером wsgi (таким как Apache или uwsgi) , Если у вас будут службы с возможностью записи, то файл или каталог, в который вы пишете, должен быть доступен для записи как для процесса-контейнера wsgi, так и для родительского каталога. (Это распространенная ошибка с sqlite - каталог, содержащий sqlite, должен также быть доступен для записи процессом wsgi. Но вы не используете sqlite.)
Узнайте, как выполняется процесс wsgi, как в статусе пользователя, так и в группе. Затем из этого каталога медленно вернитесь из родительского каталога в родительский каталог, запустив ls -ld на дочернем и убедитесь, что он доступен для процесса.