Установите будильник в RTC, затем переведите компьютер в режим ожидания или в режим ожидания (-to-RAM). Некоторые материнские платы поддерживают выход из спящего режима (приостановка на диск), но, думаю, это будет слишком медленно.
echo `date '+%s' -d '+ 5 minutes'` > /sys/class/rtc/rtc0/wakealarm
echo -n "mem" > /sys/power/state
Замените "mem" на "режим ожидания" для режима ожидания вместо приостановки.
КСТАТИ. В вики MythTV есть еще несколько подробных примеров.
http://www.mythtv.org/wiki/ACPI_Wakeup