Firefox, безусловно, делает - не уверен насчет Opera. Возможно, что какое-то другое свойство CSS конфликтует с элементом, для которого вы устанавливаете .style.zIndex
- например, я видел проблемы, возникающие при попытке поместить элемент «поверх» другого элемента, который имеет position: relative
. У вас есть пример кода, который вы можете опубликовать?