Хорошо, я просто не хочу, чтобы это оставалось без ответа.
Решение состоит в том, чтобы получить доступ к элементу дизайна, затем к набору данных, а затем добавить условия фильтрации оттуда.
$report = $birtReportEngine->openReportDesign("${here}/myreport.rptdesign");
$filter = new java("org.eclipse.birt.report.model.api.elements.structures.FilterCondition"); // create a new filter condition object
$filter->setExpr("row['id']");
$filter->setOperator("in");
$filter->setValue1('["32","679","333","233"]');
$report->getDesignHandle()->findDataSet("Employees")->addFilter($filter);