Недавно мы столкнулись с подобной проблемой при попытке зарегистрировать несколько именованных экземпляров одного и того же конкретного типа (в нашем случае это было в пользовательском сканере) - Structuremap не позволяет вам делать это напрямую.
В конце мы должны были использовать метод ConstructedBy, передавая выражение, которое явно создает конкретный тип.
Здесь стоит проверить StructureMap - Настройка экземпляров в качестве отправной точки.
Edit:
Я думаю, что это именно то, что вы, вероятно, хотите в своем реестре (спасибо PHeiberg за предложение Add ()):
For<IObjectContext>().Add(() => new ObjectContextAdapter(new Model1Entities())).Named("objectContext1");
For<IObjectContext>().Add(() => new ObjectContextAdapter(new Model2Entities())).Named("objectContext2");