Вы должны убедиться, что URL-адрес iframe использует ssl (https).
Я не уверен, как работает фишинговый фильтр в IE, но я бы позаботился о том, чтобы все iframes также приходили из одного домена.
Я предполагаю, что содержимое, которое вы получаете в iframe, не из вашего собственного кода.
Один из способов сделать это - настроить простой веб-прокси, адрес на вашем сервере, который перенаправляет содержимое только с другого веб-сайта.
Это, тем не менее, увеличит трафик вашего сервера вдвое по сравнению с тем, что потребляет ваш посетитель сегодня. Однако это можно уменьшить вдвое, кэшируя данные, предполагая, что они одинаковы для всех ваших посетителей.