Вам необходимо определить, какие параметры используются для разграничения локальной и рабочей среды и в каких файлах. Это действительно отдельная проблема от использования VCS, хотя общепринятой практикой является наличие файла настроек шаблона (имя может немного отличаться от реального файла во избежание путаницы) в управлении версиями, в котором есть конфигурации для нескольких сред, но только один (обычно локальный) активен в любой момент времени.
### local ###
port=8080
### production ###
# port=80
Другая схема состоит в том, чтобы помещать такие специфичные для среды файлы конфигурации в соответствующие папки config / env и ссылаться на них соответствующим образом.
config/local/config.properties
config/production/config.properties