Если я правильно понял, вы полагаетесь на тот факт, что Excel продолжит работу и загрузит файл CSV, который называется some.XLS, но при повторном сохранении он сохранит формат CSV и, следовательно, потеряет все форматирование применено. Как говорит DwB, Excel должен предупреждать об этом довольно четким сообщением, если оно не отключено.
Я не думаю, что здесь можно что-то сделать, кроме обучения клиентов или переписывания своего отчета для фактического экспорта подлинного файла XLS или XLSX.