У меня была такая же проблема, также с использованием архитектуры HMVC. Вот мое решение для пользы других.
В моем случае оказалось, что я удалил каталог / application / controllers / . Поскольку этот каталог всегда пуст, его заменяют контроллеры в отдельных модулях, и я (ошибочно) подумал, что было бы неплохо «привести его в порядок».
На самом деле, маршрутизация MX ссылается на путь, который он создает для маршрутизатора, чтобы найти модули;
APPPATH.'controllers/'.$RTR->fetch_directory().$RTR->fetch_class().'.php'
Так что ../ часть верна. Я подозреваю, что ваша локальная среда - это Windows (как и моя), которой удалось как-то обойти этот сломанный путь, так что Linux не может.
Итак, простое исправление для этого сценария ... положить каталог / application / controllers / обратно.