Разве вы не можете просто передать вывод дампа напрямую через инструмент шифрования?
то есть:
mysqldump mydb | some-encryption-tool.sh
Кстати, единственная причина, по которой я предложил передавать напрямую через инструмент шифрования, заключается в том, что (небезопасная) версия с открытым текстом никогда не существует на диске, что является единственной интерпретацией вопроса, которая имеет смысл. В противном случае просто сохраните дамп в файл и зашифруйте его - «ответить» не на что.